La electroforesis capilar es una técnica de separación que nos permite la identificación y cuantificación de moléculas presentes en una disolución a través de su relación masa/carga., a través de un capilar (menos de 50 µm de diámetro). Es necesario aplicar una diferencia de potencial (de 100 a 500 V/cm) entre los dos extremos del capilar que hará que las moléculas se muevan hacia un extremo u otro del capilar (movilidad electroforética).
Es una técnica que ha sido utilizada con éxito para la cuantificación de proteínas, péptidos y aminoácidos, así como de fragmentos de ADN. Por tanto, puede ser usada en el sector agroalimentario (carne, lácteos, frutas,..) en el sector farmacéutico, químico,....