Dentro del sistema español de Ciencia y Tecnología, el IEO es un organismo dedicado en exclusiva a la investigación marina. Como corresponde a un organismo cuyas actividades son de ámbito estatal, las instalaciones del IEO tienen una amplia cobertura geográfica con una Sede central  en Madrid, nueve centros oceanográficos costeros, cinco plantas experimentales de acuicultura, doce estaciones mareográficas y una flota de seis barcos oceanográficos de diverso tonelaje.

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