El objetivo general del CIFAED es potenciar la Agricultura Ecológica (AE, en adelante) como motor de desarrollo rural sostenible, dado que ésta permite mejorar y mantener el buen estado de los recursos naturales; generar renta para los habitantes de los pueblos; revalorizar los recursos locales (materia orgánica, conocimiento, variedades y razas tradicionales, paisaje…); articularse con otras actividades económicas (agroturismo, educación ambiental…) y desarrollar canales cortos de comercialización que permiten a los productores la captación de un mayor valor añadido, y mostrar el importante impacto socio-económico que la AE está generando en la Unión Europea, en conjunción con otras estrategias con las que establece sinergias.