La unidad de Endoscopia se centra en la formación de técnicas endoscópicas dirigida a profesionales sanitarios e investiga sobre nuevas técnicas y tratamientos mediante abordaje endoscópico. Se realiza enseñanza reglada en sistema digestivo (esofagogastroduodenoscopia, colonoscopia y técnicas terapéuticas), endoscopia digestiva avanzada (colangiopancreatografía retrógrada endoscópica) y enteroscopia de doble balón, estando estas actividades avaladas por la Asociación Española de Endoscopia Digestiva y siendo el CCMIJU el único centro para la enseñanza de endoscopia acreditado por la European Society of Gastrointestinal Endoscopy. También destaca la enseñanza de la broncoscopia en el aparato respiratorio y cistoscopia y ureteropieloscopia en el sistema urinario.
Las técnicas endoscópicas se aplican al tratamiento mínimamente invasivo de la uropatía obstructiva para la resolución de afecciones pediátricas y al tratamiento de estenosis ureterales entre otras. La Enteroscopia de Doble Balón permite diagnosticar y tratar lesiones del intestino delgado que hasta ahora eran inaccesibles para la cirugía de mínima invasión.
Asimismo, la Unidad de Endoscopia también desarrolla nuevas prótesis metálicas para su aplicación en la resolución de obstrucciones ureterales.