Dicho citómetro separador, puede tener aplicaciones en diversas areas: biología celular, genética, inmunología, microbiología, ecología, hematología. Análisis de ciclo celular y apoptosis. Medición del porcentaje de transfección en cultivos celulares. Fenotipaje celular en muestras de sangre mediante superficie. Medidas cinéticas de calcio, radicales libres y pH celular. Búsqueda de células tumorales por marcadores o cantidad de ADN aberrante. Diferenciación entre especies de algas unicelulares.